Кто-нибудь может достоверно сказать - одинаковые ли у них запчасти? На экзисте например есть только каталог на тойоту, на дайхатсу нет. Есть ли какие-то отличия в запчастях японских Passo и Boon, а также европейского Sirion и японского Boon?

Скачай microcat и смотри номера там.
exist номера на дайхатсу знает, он их выдает при показе запчастей на тойоту, у него просто каталога нету.

скачал, не запускается, диск требует.

99% всех запчастей идентично. Отлтчия - шильдики, чуть другая решетка радиатора (на Субару Джусти), фары (для левого и праого руля они разные). рулевая рейка, вакумник (опять таки - отличия для левого и правого руля).